Nel gennaio del 1996 un incendio di proporzioni disastrose ha cancellato, in una sola notte, oltre 200 anni di storia, già colpiti dal precedente incendio del 1836. Fortunatamente, il rogo della Fenice non ha condotto alla distruzione completa della fabbrica e in molti punti danneggiati permasero il complesso delle murature perimetrali e le principali partizioni interne. L’impianto del teatro è costituito da tre nuclei edilizi principali, contigui e comunicanti, e da alcune appendici minori addossate al loro perimetro: l’AVANCORPO, di cui si conservarono l’atrio e lo scalone d’onore, il CORPO CENTRALE, che racchiude la sala teatrale, la platea, i cinque ordini di palchi e la fossa orchestrale, e il CORPO TERMINALE, che accoglie il palcoscenico, la macchina teatrale e i servizi di scena. Complessivamente, si conservarono la scala reale, una parte dei solai e rimasero sostanzialmente intatti i nuclei laterali adibiti a uffici e a servizi di supporto all’attività teatrale.
La progettazione della ricostruzione del “La Fenice” fece particolare riferimento alle definizioni contenute nella Legge 457/78, procedendo con interventi (a carattere conservativo) di RESTAURO E RISANAMENTO CONSERVATIVO e di RISTRUTTURAZIONE, a cui vennero affiancati interventi di NUOVA PROGETTAZIONE di elementi quali la macchina scenica, gli impianti, i servizi e la sicurezza.